不具合現象
SourceTreeのファイルステータスで、
作業ツリーのファイルを、Indexにステージしたファイルに追加しようとした時に標題のエラーが発生。
Diffから「Hunkをステージへ移動」ボタンを押した時と、
行(ハンク)を選択して「選択した行をステージへ移動」にした時のみ不具合が発生しました。
ファイルを選択して、「選択をインデックスに追加」を押してもエラーにはなりません。
また、「全てインデックスに追加」を押してもエラーにはならなかったです。
解決方法
Diffが表示されている画面の右上の歯車から、
「空白文字を無視」を「空白文字を表示」に切り替えることでステージ出来る様になりました。
（元が「空白文字を表示」の場合は逆にしても問題ないかもしれません。）
細かい原因は不明ですが、おそらく文字コードが関連した不具合だと思います。
改行コードが混在している場合に起こる気がします。
gitは改行コードの差分まで判別しますが、SourceTreeはしないので、
SourceTreeには改行コードの変更まではDiffには表示されないようになっています。
そこらへんが影響してそうです。参考までに。