注意点
oneapiとHPCをインストールする。
eclipseとの統合は無視でok
.bashrcに以下を追記する
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
起動時にoneapiのパスが通る
wget https://download.lammps.org/tars/lammps-stable.tar.gz
tar xvzf lammps-stable.tar.gz
mkdir ~/lammps/build
cd ~/lammps/build
cmakeは以下のコマンドにする
cmake ../cmake/presets/basic.cmake -DCMAKE_C_COMPILER=icx -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpx -DCMAKE_Fortran_COMPILER=ifx -D BUILD_MPI=yes -D BUILD_OMP=yes -D PKG_OPENMP=yes -D PKG_MANYBODY=yes -D BUILD_SHARED_LIBS=yes -D PKG_PYTHON=yes -D PKG_MEAM=yes ../cmake
make -j 4
SOを指定しての実行
make install
pythonでの実行
make install-python
ちなみにicxコンパイラーを用いるとsrc/fmt/format.hおよび/src/fmtlib_format.cppにて警告がでることがある。
警告が出るが一応普通に使える。
icpxの方が計算が少し速いかも?
srcディレクトリでmake mpiコマンドでシリアルオプションでmakeしたときのlammpsが残っていると怒られる。（丁寧にどのコマンドを叩けば消せるか教えてくれる）
manybodyとかで他のペアのソースファイルを足したい場合なんかはsrc/MANYBODYにそのソースファイルをコピペしてcmakeすればok
実行sh
mpirun -np 4 lmp -sf omp -in in.CVD >> CVD.out