LaTeXのgnuplottex.styを利用すると、LaTeXのソース内部に直接gnuplotソースを打ち込むことができ、LaTeXのコンパイル時に自動でgnuplotでグラフを生成してくれるようになります。ドキュメントとグラフのソースを一元化できて修正も楽になるので便利です。サンプルコードは以下の通りです。LaTeXとgnuplotがインストールされている必要があります。

gnuplot.tex

\usepackage[dvipdfm]{graphicx}
\usepackage{gnuplottex}
\begin{document}
たとえばこんなかんじにグラフを挿入できます。

\begin{gnuplot}
       splot sin(x)*cos(y)
\end{gnuplot}

\end{document}

これを

$ platex --shell-escape gnuplot.tex

でコンパイルします。この--shell-escapeは必須です。しかしこれだけでは、
Package gnuplottex Warning: Please convert gnuplot-gnuplottex-fig1.gnuplot manually.やPermission deniedが発生することがあります。
これは、LaTeXからgnuplotを呼び出すときの実行権限のエラーが原因のようですので、
texmf.cnfを編集して、gnuplotを実行可能な外部プログラムとして指定しておく必要があります。texmf.cnfはたとえば/usr/local/texlive/texmf-local/web2cにあります(TeXLiveの場合)。

texmf.cnf

shell_escape_commands = \
bibtex,bibtex8,bibtexu,pbibtex,upbibtex,biber,\
kpsewhich,\
makeindex,mendex,texindy,\
mpost,pmpost,\
repstopdf,epspdf,extractbb,gnuplot

以上はMac OS X Marvericksで試した結果です。