大学院でEZRを勧められたので、私のローカルにEZRを導入しようとした時に、ふと「HomebrewでRとRstudioを入れよう」と思い立ち、実行したらちょっと詰まったので備忘録として記録した。
本当は@yukitchi様の「Docker 上に RStudio + EZR の統計解析環境を作る【macOS】をみてカッコよくDocker上で統計解析環境を作りたくて、数日間で何度も何度もチャレンジしてようやくできたのに、なぜか消してしまい、それ以降再現できず。。。
ということで、私はローカル上に統計解析環境をつくることにした。
参考にしたサイト様
自治医科大学附属さいたま医療センター | ダウンロード(MacOS X版)
私のPCはMacなので、基本的には上のサイトを参考にインストールすればOK。
EZRはRStudioがベースなので、RとRStudioをローカルにインストールする必要がある。
上のサイトではダウンロードしてきたdmgファイルを使ったインストール方法を紹介していたが、私はHomebrewを使ってRとRStudioを導入したくなったので、以下のサイト様を参考にした。
コアラさばお様 | Homebrew と R と R Studio
両サイトとも難解な部分もなく、サクサク進む〜♪と思いきや。。。
Warning: The post-install step did not complete successfully...
terminalで以下のコマンドを実行
brew install r
あれ？最初に"Warning"が出てたような。。。
でもinstallは進んでいくので、それ以降気にならずに、しばらく待ちの状態。
最後、再び"Warning"が出たかと思うと、
$ Warning: The post-install step did not complete successfully
You can try again using:
brew postinstall r
となり、installが出来ない。postinstallもやってみたけど全然ダメ。
むむ、、どうしよう 汗
原因: Homebrewがrをフォーミュラとして扱っている
ChatGPT様にお伺いした所、"Homebrewがrをフォーミュラとして扱っているため発生している"とのご指摘を頂きました。
Rのインストールにはフォーミュラではなく、Caskを使用することを推奨されているともご教示頂きました。
そ、そうなのね。。
では早速下記の通り実行
brew install --cask r
。。。できた！問題なくインストールが完了した！笑
Homebrew Formulaeに書かれていた
Homebrew Formulaeにちゃんと書かれてました。。
フォーミュラのことや--cask使ったinstallについては、他の方が詳しく解説していたので、ここでは割愛。
分からない時にChatGPT様は大変ありがたい存在だな〜。
100%信用はできないけど、ヒントになることもあるからとてもありがたい存在。
無事にEZRまでインストールできて、問題なく使うことができましたとさ。