Anaconda3環境で，cadnano2をインストールする

前書き

私はAnacondaを使ってpython環境を構築しています．

現在，インストーラでインストールできるcadnanoは，python2.7でしか動かず，パスを通す必要もあって不便でした (https://cadnano.org/windows-installation.html )．

そこで，cadnano (cadnano2) をpython3系で使えるようにする方法をまとめました．

この方法でインストールしたcadnano2は少しバグが多いかもしれません．

私の環境でのバグ

見つけたらメモしていきます

• 上書き保存をすると，ファイル名がC(拡張子なし)になり，保存先もcadnano2フォルダ直下になる．
• deleteで要素を消せなくなるときがある．（cadnano再起動で直る）
• pencilで繋いだときに表示がおかしくなる．（そのcross overを少し動かすと直る，python2版のcadnanoも同じ症状あり）

参考

• cadnano2
• Anacondaで仮想環境構築・削除
• バッチ処理をバックグラウンドで行う

実行環境

• windows10
• Anaconda3 (Python3系)

cadnano2のインストール

Anaconda Prompt (anaconda3)を起動し，そのコマンドライン上で進めていく．

python3.8の仮想環境を作る

$ conda create -n cadnano2 python=3.8
> Proceed ([y]/n)?
$ y

仮想環境に移動

$ conda activate cadnano2

PyQt5をインストール

$ pip install pyqt5 networkx

githubのページからクローン
※gitをインストールしていないと使えない

$ git clone https://github.com/douglaslab/cadnano2

クローンしたディレクトリに移動

$ cd cadnano2

起動

$ python main.py

補足

• Anaconda Promptにおいて，先頭の(base)が仮想環境を表す．そのため，conda activate cadnano2とすると先頭が(cadnano2)となる．

• git for windowsをダウンロードしておく (https://gitforwindows.org/ )．
  インストールは全てデフォルトでOKだった．
  面倒なら該当のgithubのページから，Download ZIPしてもいい．

• git cloneでのダウンロード先は，そのコマンドを打ったカレントディレクトリになる．

おまけ　ショートカットの作成

batファイルだけでも起動できるがコマンドウインドウ残ってしまい邪魔なので，vbsファイルを通して起動する．

launch_cadnano2.bat

call C:\Users\USERNAME\anaconda3\Scripts\activate.bat
call conda activate cadnano2
call cd C:\Users\USERNAME\cadnano2
call python main.py

launch_cadnano2_background.vbs

CreateObject("WScript.Shell").Run "C:\Users\USERNAME\cadnano2\launch_cadnano2.bat",0

• C:\Users\USERNAME\anaconda3は，Anaconda3をインストールした場所に読み替える．
• C:\Users\USERNAME\cadnano2はgithubからダウンロードした先に読み替える．

使い方

1. vbsファイルをダブルクリックで起動
2. ウインドウを閉じれば終了

適当な場所にlaunch_cadnano2.batとlaunch_cadnano2_backgroud.vbsを作り，スタートメニューのフォルダにvbsファイルのショートカットを置くと便利．
私の環境だと，C:\Users\USERNAME\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\にショートカットを置いた．

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