git submodule updateしてもgit submodule initした時点のコミットにしか追従してくれません。
git submodule addしてるリポジトリ(例えば.vim/vundleとか)をgithubなどのリモートの最新に追従するにはgit submodule foreach git pull origin masterを実行します。
git statusで見るとsubmoduleで管理しているリポジトリが変更されたことになっているのでgit add/commitしておきます。