git submodule update
してもgit submodule init
した時点のコミットにしか追従してくれません。
git submodule add
してるリポジトリ(例えば.vim/vundleとか)をgithubなどのリモートの最新に追従するにはgit submodule foreach git pull origin master
を実行します。
git status
で見るとsubmoduleで管理しているリポジトリが変更されたことになっているのでgit add/commitしておきます。