第二世代管理パッケージだと、どうやらアップグレードできないコンポネントがだくさんあるようです。
ちゃんと調べずにやってしまうと痛い目に会います。
下記のURLを参考にサポートしているコンポネントの中に
「パッケージのアップグレード時にコンポーネントが更新される」項目を
入念にチェックし問題ないかしっかり確認してください。
管理パッケージで使用可能なコンポーネント:
Metadata Coverage Report
私が気になったのは、レポート、ダッシュボード、フォルダ、リストビューなどの常用のコンポネントが
「パッケージのアップグレード時にコンポーネントが更新される：いいえ」
になっていました。