heliumでもseleniumと同じ指定の仕方で、ダウンロード先のフォルダを指定できます。heliumを使ってダウンロードしたcsvファイルなどでごにょごにょしたい時にダウンロード先を明示できるので便利です。
from selenium.webdriver import ChromeOptions
from helium import *
options = ChromeOptions()
prefs = {"download.default_directory": r"C:\Users\user\Documents\helium_test"}
options.add_experimental_option('prefs', prefs)
start_chrome(options=options)
# heliumでダウンロード
kill_browser()
download.default_directoryで指定するフォルダ名はご自身の環境に合わせてください。
私はwindows10を使っておりますが、フォルダへのパスの最後の"\"は有っても無くても動作には影響がありませんでした。