結論から言うと、Jenkins with Git Pluginの環境でPruneを行う場合には、
extensions: [[$class: 'CloneOption', depth: 0, noTags: false, reference: '', shallow: false, timeout: 60], [$class: 'PruneStaleBranch']]
こんな感じで、checkout関数のextentionsにPruneStaleBranchオプションを与えてあげればOKです。
何故ハマったか
何故この程度のことに手こずったかというと、JenkinのPruneに関する情報を調べるとトップに出てくる公式ドキュメントに従っていたから。
Jenkinsプラグインの文法仕様が新しいバージョンでは少し変わったみたいですね。
(Version 5系からcheckout scmGitという文法に変わったみたい。ちなみに私はVersion 4系)
私の環境は諸事情でPluginのアップデートができず、文法が異なっておりエラーにハマっておりました。
pruneTagsは使えないのです。
で、色々と四苦八苦していたところ、以下のページに出会い。
そうか！Snippet Generatorがあったよ！
ということで、JenkinsのSnippet Generatorにアクセスし、オプションを探す・・・あった！
これでGenerateするとextentionsにオプションが追加されて無事解決。
たったこれだけのことでした。おしまい。