スクロールイベントを検知するAPIのIntersection Observerですが、インスタンス生成後にscrollMarginを動的に変更することはできません。
以下の記事でも、同じように悩んでいる人がいました。
"How to dynamically change Intersection Observer's configuration"
https://stackoverflow.com/questions/49511503/how-to-dynamically-change-intersection-observers-configuration

今回は、以下のようにラッパークラスを作り対応しました。

/**
 * IntersectionObserverを拡張し、rootMarginの動的な更新をサポートするラッパークラス。
 * 標準のIntersectionObserverでは、rootMarginを変更するためには新しいインスタンスの作成が必要だが、
 * このクラスを使用することで、既存のインスタンスでrootMarginを容易に更新できる。
 */
class IntersectionObserverWrapper {
    private _intersectionObserver: IntersectionObserver;
    private _callback: IntersectionObserverCallback;
    private _options?: IntersectionObserverInit;
    private _targets: Element[] = [];

    /**
     * IntersectionObserverWrapperの新しいインスタンスを作成する。
     * @param callback 要素の視認性の変化を通知するコールバック関数。
     * @param options IntersectionObserverのオプション、rootMarginの初期値を含む。
     */
    constructor(callback: IntersectionObserverCallback, options?: IntersectionObserverInit) {
        this._intersectionObserver = new IntersectionObserver(callback, options);
        this._callback = callback;
        this._options = options;
    }

    /**
     * rootMarginを更新する。このメソッドを呼び出すと、監視中の全ての要素に対して、
     * 新しいrootMarginが適用される。
     * 
     * @param rootMargin 新しいrootMarginの値（例: `-80px 0px -1000px 0px`）。
     */
    updateRootMargin(rootMargin: string): void {
        // 指定された値が現状と変わらなければ何もしない
        if (this._intersectionObserver.rootMargin === rootMargin) {
            return;
        }
        this._intersectionObserver.disconnect();
        const newOptions = { ...this._options, rootMargin: rootMargin };
        this._intersectionObserver = new IntersectionObserver(this._callback, newOptions);
        this._targets.forEach(target => this._intersectionObserver.observe(target));
    }

    /**
     * 指定した要素を監視対象に追加する。
     * 
     * @param target 監視対象に追加する要素。
     */
    observe(target: Element): void {
        this._intersectionObserver.observe(target);
        this._targets.push(target);
    }

    /**
     * 監視を終了し、全ての要素の監視を停止する。
     */
    disconnect(): void {
        this._intersectionObserver.disconnect();
    }
}