はじめに
この記事を参考にしてgnuplottexを使ったときに自分の環境だとつまずいた点がいくつかあったのでその解決方法を書いていきます
Windowsではshell-escapeを有効にしていても有効だと判定されない
どうやらgnuplottexではshell-escapeが有効になっているかどうかのチェックにUNIXコマンドを用いているためWindowsではチェックが失敗し、shell-escapeが有効ではないと判定されてしまいます。解決策としてはgnuplottexを読み込むときにmiktexのオプションをつけて読み込むことです。
\usepackage[miktex]{gnuplottex}
このようにすれば問題なくコンパイルできるはずです。しかしこの解決策には問題があります。それはグローバルスコープの\ifmiktexがtrueになってしまい他のパッケージにmiktexのオプションが用意されていた場合有効になってしまい、予期しない動作をする可能性があることです。私は今のところ問題になったことはありませんが注意する必要があります。
他の解決策としては、WSLでコンパイルすることが考えられます。未検証ですがmiktexのオプションを指定せずに問題なくコンパイルできるはずです。
latexmkを使ってコンパイルしたときに無限ループになりコンパイルが終わらない
これはgnuplottexの問題というよりgnuplotがtexファイルを生成するときに、秒単位のタイムスタンプをつけるためコンパイルごとにtexファイルが変更されたとlatexmkで判断されてしまうことが原因のようです。この問題は通常C:\Program Files\gnuplot\share\lua\に存在するgnuplot-tikz.luaのnotimestampをtrueに変更することで解決します。
-- for regression tests etc. we can turn off the timestamp
notimestamp = true,
参考