図解Git の図が素晴らしいので、どうやって作っているのか調べてみた。
github に説明があって、ソースは LaTeX で PGF/TikZ というパッケージ（アドオン）を使って記述してる。 ソースの例: basic-usage.tex
TikZ のサンプルが、http://www.texample.net/tikz/examples/ にあって、相当強力。
graphviz の dot が配置を決めてくれるのに対して、何らかの形で人間が指定してやらないといけないらしい。http://www.felixl.de/commu.pdf をみると、方眼紙Excelライクにノードを配置することはできる。