RのパッケージにC++コードを含める場合、src/フォルダに入れる決まりです。src/フォルダにあるファイルはすべてソースとみなされて、パッケージのビルドする際にコンパイルされます。
C++では、ヘッダファイルを用意してそこに関数やクラスの定義をまとめることがよくあり、その際によく使われる拡張子が.hppなのですが、src/フォルダに.hppファイルが含まれているとパッケージのチェック時に警告がでます。
These are unlikely file names for src files.
Rパッケージの仕様書によると、
We recommend using .h for headers, also for C++ or
Fortran 9x include files.
ということで、どうやら.hを拡張子に使うのが正しいようです。