前提

S3にHTTPリクエスト経由のデータをJSONファイルとして保存・差分更新したい
S3の Last-Modified は作成日時と更新日時を区別しない

オブジェクト作成日または最終更新日のいずれか遅い方。マルチパートアップロードの場合、オブジェクトの作成日はマルチパートアップロードの開始日です。

それらを区別してシンプルに保存したい
deepmerge はオブジェクトを後勝ちでマージできる

やったこと

const 保存済みのデータ = // S3から取得。なければ空オブジェクト
const 現在日時 = new Date().toISOString();

const 新しく保存するデータ = deepmerge.all([
  { データ作成日時: 現在日時 },
  保存済みのデータ,
  リクエスト経由の更新したい差分,
  { 最終更新日時: 現在日時 },
])

このような順でマージすることで、日時系は常に現在日時を単純に作成するだけでも、

初回（保存済みのデータがない場合）のみデータ作成日時が更新され、
保存済みのデータに対してリクエスト経由のデータ差分が更新され、
常に最終更新日時を更新

ということが実現できる