Slurm を Docker から試せる Slurm Docker Cluster

はじめに

SlurmはHPC環境で広く使われているジョブ管理システム（ジョブスケジューラー）である。

しかし、複数のノードを用意するのは敷居が高い。Raspberry Pi などを用いて物理的にクラスタを作成することもできるかもしれないがもっと気軽にシュッと試してみたい。Dockerで簡単にできないか。

Slurm Docker Cluster

探してみるとやっぱりあった。
docker compose を使って簡単にSlurmを試してみることができる。

プロクシ環境下で実行するためには、Dockerfileの設定を書き換える必要があるかも(#58)

イメージのビルド

docker compose build

起動

docker compose up

Bashに入る

docker exec -it slurmctld bash

コンテナ

コンテナ	説明
mysql	ジョブとクラスターのデータを保存します。
slurmdbd	Slurmデータベースを管理します。
slurmctld	ジョブやリソース管理を担当するSlurmコントローラーです。
c1, c2	計算ノード（slurmdが実行されています）。

永続ボリューム

ボリューム	マウント先
etc_munge	/etc/munge
etc_slurm	/etc/slurm
slurm_jobdir	/data
var_lib_mysql	/var/lib/mysql
var_log_slurm	/var/log/slurm

個人的にやったこと

NextflowがSlurmで実行できることを確認した。

この記事は以上です。