Rubyでバイオリンプロットを作る【Plotly】

こんにちは。

IRuby + JupyterLab ユーザー限定ですが、Ruby + Plotly でバイオリンプロットを描くのはとても簡単です。

環境の準備が少し大変ですがどうぞ。

準備

大前提としてJupyter Lab + IRuby環境が導入されているものとします。IRubyの導入はところどころトラップがありますが、各種Webの情報を参照して、Github master から最新版のインストールすることをおすすめします。
https://github.com/SciRuby/iruby

1. plotly-extensionを導入します。
   https://github.com/jupyterlab/jupyter-renderers/tree/master/packages/plotly-extension

2. iruby-plotly をインストールします。
   https://github.com/zach-capalbo/iruby-plotly

gem specific_install https://github.com/zach-capalbo/iruby-plotly

Irisデータセットを使ってバイオリンプロットを試す

Jupyter Labを起動します。
ここでは、拙作の rdatasets Gemを使ってIrisデータセットを呼び出しています。

require 'rdatasets'
require 'iruby/plotly'

iris = RDatasets.datasets.iris
iris.head(5)

species = iris.Species.to_a.uniq

["setosa", "versicolor", "virginica"]

data = species.map do |sp|
  sepal_length = iris.where(iris["Species"].eq sp)["Sepal.Length"].to_a
  {y: sepal_length, type:"violin", name: sp}
end

ここで作られるdataは次のようなオブジェクトです。バイオリンプロットだけ試したい人は、こちらからどうぞ。

data = [{:y=>[5.1, 4.9, 4.7, 4.6, 5, 5.4, 4.6, 5, 4.4, 4.9, 5.4, 4.8, 4.8, 4.3, 5.8, 5.7, 5.4, 5.1, 5.7, 5.1, 5.4, 5.1, 4.6, 5.1, 4.8, 5, 5, 5.2, 5.2, 4.7, 4.8, 5.4, 5.2, 5.5, 4.9, 5, 5.5, 4.9, 4.4, 5.1, 5, 4.5, 4.4, 5, 5.1, 4.8, 5.1, 4.6, 5.3, 5],
:type=>"violin",
:name=>"setosa"},

{:y=>[7, 6.4, 6.9, 5.5, 6.5, 5.7, 6.3, 4.9, 6.6, 5.2, 5, 5.9, 6, 6.1, 5.6, 6.7, 5.6, 5.8, 6.2, 5.6, 5.9, 6.1, 6.3, 6.1, 6.4, 6.6, 6.8, 6.7, 6, 5.7, 5.5, 5.5, 5.8, 6, 5.4, 6, 6.7, 6.3, 5.6, 5.5, 5.5, 6.1, 5.8, 5, 5.6, 5.7, 5.7, 6.2, 5.1, 5.7],
:type=>"violin",
:name=>"versicolor"},

{:y=>[6.3, 5.8, 7.1, 6.3, 6.5, 7.6, 4.9, 7.3, 6.7, 7.2, 6.5, 6.4, 6.8, 5.7, 5.8, 6.4, 6.5, 7.7, 7.7, 6, 6.9, 5.6, 7.7, 6.3, 6.7, 7.2, 6.2, 6.1, 6.4, 7.2, 7.4, 7.9, 6.4, 6.3, 6.1, 7.7, 6.3, 6.4, 6, 6.9, 6.7, 6.9, 5.8, 6.8, 6.7, 6.7, 6.3, 6.5, 6.2, 5.9],
:type=>"violin",
:name=>"virginica"}]

IRuby.plot(
  data,
  title: "Rubyのバイオリンプロット",
  width: 600, height: 600
  )

おまけ ヒストグラム

data = species.map do |sp|
  sepal_length = iris.where(iris["Species"].eq sp)["Sepal.Length"].to_a
  {x: sepal_length, opacity: 0.6, type:"histogram", name: sp}
end

IRuby.plot(
  data,
  title: "Rubyのヒストグラム",
  width: 600, height: 600, barmode: "overlay"
  )

こんな感じで簡単にグラフを描くことができます。

この記事は以上です。