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📊炎症性腸疾患のGWASのマンハッタンプロットをqqmanとCMplotで描いてみる

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qqman-ibd.png
qqman-crohn.png
qqman-uc.png

初心者によるやってみた系の記事です。

IBD(炎症性腸疾患 クローン病・潰瘍性大腸炎)のGWASのデータをつかってマンハッタンプロットを描いてみます。

ありがたいことに、International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium (IIBDGC)のサイトがGWASのメタアナリシスのデータをP値付きで公開しています。これを使用します。
https://www.ibdgenetics.org/

ダウンロードしたら、解凍します。
RをRstuioなどで起動して、タブ区切りファイルをデータフレームに読み込みます。

ibd   <- read.table("EUR.IBD.gwas_info03_filtered.assoc", header=TRUE)
crohn <- read.table("EUR.CD.gwas_info03_filtered.assoc", header=TRUE)
uc    <- read.table("EUR.UC.gwas_info03_filtered.assoc", header=TRUE)

簡単なのですが、それぞれのファイルは約1GBあり、読み込みだけでも時間がかかります。
ノートPC等で実行する場合はhtopでメモリ使用量を監視した方がいいかもしれません。

qqman

こちらで使い方が説明されています(公式)
https://cran.r-project.org/web/packages/qqman/vignettes/qqman.html
解析で有名なアメリエフのブログでも使い方が紹介されています。
https://staffblog.amelieff.jp/entry/2018/05/15/173432

library(qqman)
manhattan(ibd,   main = "IBD Manhattan Plot", cex = 0.3, col = c("blue4", "orange3"))
manhattan(crohn, main = "CD Manhattan Plot", cex = 0.3, col = c("blue4", "orange3"))
manhattan(uc,    main = "UC Manhattan Plot", cex = 0.3, col = c("blue4", "orange3"))

デフォルトだと、すこしドットのサイズが大きくなるので、cex=0.3を指定して小さくしてみました。色は、チュートリアルに倣って、ブルーとオレンジのシマシマにしました。

qqman-ibd.png
qqman-crohn.png
qqman-uc.png

(一つのグラフの描写に30分ぐらい時間がかかります)

<不平衡の話>

QQプロットも描いてみましょう。

qq(ibd$P, main = "IBD")
qq(crohn$P, main = "CD")
qq(uc$P, main = "UC")

qq-ibd.pngqq-crohn.pngqq-uc.png

CMplot

https://github.com/YinLiLin/R-CMplot
CMプロットは、どうやら、データフレームの列を所定の順番に認識しているようなので、順番通りに並び替えます。オプションをつけないで実行するとこんな感じですね。

library(CMplot)
ibd2   <-    ibd[,c("SNP", "CHR", "BP", "P")]
CMplot(ibd2)

IBD


Crohn


UC


この記事は以上ですが、IBDデータのシリーズはもう少し続く予定です。

kojix2
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