PAFファイルフォーマットとは
Pafファイルフォーマットは、minimap2 が出力するファイル形式の一つである。
Sam形式に非常によく似ているが、Pafはシーケンスデータとクオリティスコアを含まないという特徴がある。
このページは、各種AIツールの助けを借りながら人間が書いてます。
Pafの基本構造
PAFは、タブ区切りのテキストフォーマットで、各行が1つのアライメントを表す。
最低12個の必須フィールドがある。
- クエリ配列名
- クエリ配列長
- クエリ開始座標（0ベース）
- クエリ終了座標（0ベース）
- ストランド（+または-）
- ターゲット配列名
- ターゲット配列長
- ターゲット開始座標（0ベース）
- ターゲット終了座標（0ベース）
- マッチングした塩基数
- アライメント長（ギャップを含む）
- マッピング品質（0-255、255は欠損値） minimap2.1:751-769
PafファイルとSamファイルの違い
Samと比較すると、次のような特徴がある。
- ヘッダーセクション（@で始まる行）がない
- シーケンスデータ自体を含まない（SEQフィールド）
- クオリティスコアを含まない（QUALフィールド）
- CIGARストリングは必須ではなく、入れたい場合はタグに入れる
- 座標系: PAFは0ベース、SAMは1ベースの座標系を使用
Pafファイルの操作
Minimap2のリポジトリの中にあるPaftoolsを利用する。
このツールは、JavaScriptで書かれており、k8という高速軽量なインタープリター上で動作する。k8は、Googleの開発するJavaScriptエンジンのV8にいくつかの機能を追加したものである。
- Bytesオブジェクト：バイナリデータを効率的に扱うためのリサイズ可能なバッファ
- Fileオブジェクト：同期ファイルI/O操作のためのインターフェース
- グローバル関数：
print(),warn(),exit(),load()などの基本的な関数 - 関数：
k8_read_file(),k8_encode(),k8_decode(),k8_revcomp()
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