Anacondaを使っていて
biconda で samtools や bcftools をインストールした場合、正常にインストールされても以下のようなエラーメッセージが出ることがあります。
samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0:
cannot open shared object file: No such file or directory
とか
bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0:
cannot open shared object file: No such file or directory
解決策は、シンボリックリンクで libcrypto.so.1.0.0
を作成するという方法もありますが、
簡単なのはAnacondaで新しい環境を作っておいて、
conda create env -n samtools
opensslをダウングレードすることです。
参考元:https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/issues/12100
conda install openssl=1.0
しかし、これを実行するとsamtoolsは利用できるようになるのですが、多くのツールのバージョンがダウングレードされてしまうという残念な結果を招きます。スマートな解決策をご存知の方は教えてください。
この記事は以上です。