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biocondaでインストールしたsamtools/bcftoolsでlibcrypto.so.1.0.0がないと言われる

Last updated at Posted at 2020-10-22

Anacondaを使っていて
biconda で samtools や bcftools をインストールした場合、正常にインストールされても以下のようなエラーメッセージが出ることがあります。

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: 
cannot open shared object file: No such file or directory

とか

bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: 
cannot open shared object file: No such file or directory

解決策は、シンボリックリンクで libcrypto.so.1.0.0 を作成するという方法もありますが、
簡単なのはAnacondaで新しい環境を作っておいて、

conda create env -n samtools

opensslをダウングレードすることです。
参考元:https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/issues/12100

conda install openssl=1.0

しかし、これを実行するとsamtoolsは利用できるようになるのですが、多くのツールのバージョンがダウングレードされてしまうという残念な結果を招きます。スマートな解決策をご存知の方は教えてください。

この記事は以上です。

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