Python使いでも、R使いでもないけど、KEGGに色つけしたいの！

助けて。Python使いでも、R使いでもないけど、KEGGのパスウェイ(pathway)に色つけしたいの。
でもウェブサイトをボタンでポチポチやらなずに、なるべくCUIでやりたいの！

そんなワガママなあなたに朗報です。

Pathviewの作者が pathview.sh を提供しています。
(有名じゃないはKEGGのライセンスの関係もあって本家が宣伝を控えているからかも）

詳しくはこちらをご覧ください。
https://pathview.uncc.edu/api_tutorial

./pathviewapi.sh --gene_data gse16873.d3.txt --cpd_data sim.cpd.data2.csv --pathway_id 00010 

って入力すると、

THIS MAY TAKE A WHILE, PLEASE BE PATIENT WHILE API IS RUNNING...
###########
Date: Fri, 10 May 2019 06:46:10 GMT

{"download link":"https://pathview.uncc.edu/ホニャララ.zip"}

みたいな感じでダウンロードリンクが作成されます。

ヒント程度の情報ですが、役に立つ人には役に立つ情報かと思います！

私はRubyを使ってますが、このスクリプトを見つけて小躍りしたい気持ちになってこのエントリーを書きました。

この記事は以上です。