ちょっと詳しい理由はわからないんですが、特定の端末だけ以下の様なエラーがでてpush/clone等ができない時がありました。
Permission denied (publickey).
fatal: Could not read from remote repository.
Please make sure you have the correct access rights
and the repository exists.
その場合は以下のようにしたら直りました。
$ eval "$(ssh-agent -s)"
$ ssh-add ~/.ssh/id_rsa # github用のssh-keyへのパス
github Permission denied って急に言われました(´・ω・`) - rochefort's blog
Generating a new SSH key and adding it to the ssh-agent - User Documentation