こんにちは。
日本の OpenStreetMap データ（japan-latest.osm.pbf, 1GB以上）をダウンロードし、指定範囲で切り出しなどを行いました。以下の手順です。
ダウンロード
$ wget https://download.geofabrik.de/asia/japan-latest.osm.pbf
$ wget https://download.geofabrik.de/asia/japan.poly
データ最新化
osmupdate コマンドを使いました（osmfilter に含まれるコマンド）。
$ brew install osmfilter
$ osmupdate --hour --day -B=japan.poly -v japan-latest.osm.pbf japan-latest-updated.osm.pbf
extract 処理
osmium コマンド（の extract 処理）を使うと（osmium-tool に含まれるコマンド）、必要な範囲のデータを抽出処理できます：
$ brew install osmium-tool
$ osmium extract --polygon japan.poly -o japan-latest-updated-complete.osm.pbf japan-latest-updated.osm.pbf
$ osmium check-refs japan-latest-updated-complete.osm.pbf
Nodes in ways missing: 0
矩形範囲を指定しデータを切り出し
より小さい矩形範囲を指定して切り出しも可能です：
$ brew install osmium-tool
$ tokyo_bbox="139.500,35.494,140.000,35.900"
$ osmium extract --bbox $tokyo_bbox -o tokyo.osm.pbf japan-latest-updated.osm.pbf
$ osmium check-refs tokyo.osm.pbf
Nodes in ways missing: 0
データ読み取り
データ読み取りを試しました（参考：「Golang で OpenStreetMap ファイル（osm.pbf）の読み込み（osmpbf 利用）」）。
$ go run osmpbf_progressbar.go -ncpu 4 tokyo.osm.pbf
54732 / 54732 [====================================================] 100.00 % 4s
Nodes: 5,492,671, Ways: 1,039,991, Relations: 4,422