こんにちは。
下記画面例は Terminal ウィンドウが最前面のように一見見えますが、そうではありません。そのままではサイズ変更などもできません。

左上隅の三色ボタンが灰色であり、メニューバーにも Finder がアクティブと表示されているなど、そうではありません。
これに気がつき、目的のアプリケーションを activate し次の操作へ進む必要があります¹

マウスを用いる操作方法

この場合はウィンドウをマウスクリックし最前面化する必要があります。

キーボードのみを用いる操作方法

Spotlight 検索欄²へ入力し呼び出す操作として、

Terminal ウィンドウを最前面化するには、 Terminal　とそこへ入力します。
もしくは、下記の AppleScript を呼び出す方法を考えてみました。

activate_proc.scpt

tell application "System Events"
	repeat with proc in (processes where background only is false and visible is true)
		set procName to (name of proc)
		if {"Finder"} does not contain procName then
			activate application procName
			exit repeat
		end if
	end repeat
end tell

面倒な UI なのかもしれません。 ↩
ショートカットを使って呼び出す ↩