Eclipseにおけるエンコードと改行コードの設定

メニュー>ウィンドウ>設定をクリックし、設定ダイアログを表示します。
設定ダイアログにて、一般>ワークスペースを　選択するとワークスペース設定の下の方に
・テキスト・ファイル・エンコード設定
・新規テキスト・ファイルの行区切り文字・・・つまり改行コード
の設定があります。

デフォルトが下記の画像の状態で、
・UTF-8
・Unix・・・つまりはLF

になっているようです。

Unixと書かれているとWindowsに変えた方がよいと思うかもしれませんが、Unix=LF　のようなので、特に変更する必要はありません。

エンコードや改行コードは目に見えないので、分かりづらいですが、文字化けやツールの改行コードのエラーがでることがあれば、
こちらの設定を確認してみてはいかがでしょうか。