RDKitでアミノ酸配列をSMILESに変換する

はじめに

アミノ酸配列で表現される化合物をMOLオブジェクトに変換し、分子の記述子を計算して機械学習を行いたい。このため掲題の件を調べたのでメモっておく。

方法

RDkitのChem.MolFromFASTAを使う。

コード

peptide.py

import rdkit
from rdkit import Chem

def main():
    smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA("RGDfK"))
    print(smiles)

if __name__ == "__main__":
    main()

出力結果

N=C(N)NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O

お、出てる。

課題

https://www.novoprolabs.com/tools/convert-peptide-to-smiles-string のサイトのように、条件を指定して環状にした形でSMILESを得る方法が、まだよくわからない。

参考

-How do I convert my peptides into SMILES strings?