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@kimisyo(晶公畑)

Pandasデータフレーム上のSMILESから化合物画像表示まで

Last updated at 2019-03-02Posted at 2019-03-02

環境

Python 3.6
Jupyter Notebook
RDKit

方法

前提としてdf_allというPandasデータフレームの"smiles"というカラムにSMILESが格納されているものとする。以下の流れで画像表示が可能である。

from IPython.display import SVG
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools

# SMILESから画像を生成し、df_allの"IMAGE"カラムに入れる
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(df_all, molCol='IMAGE', smilesCol='smiles')

# IMAGEカラムの画像をRDKitのPandasToolにより描画
PandasTools.FrameToGridImage(df_all[:5], column='IMAGE', molsPerRow=3)

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