化合物のDeepLearningライブラリであるDeepChemを真っさらなAnacondaの仮想環境にインスト―ルしたいと思います。
動作環境
- CentOS7
- Anaconda3
- python3.6
- deepchem2.1.0
インストール
まずはanacondaの仮想環境を作成します。
$ conda create -n deepchem python=3.6
仮想環境(deepchem)が作成されたことを確認します。
$conda info -e
# conda environments:
#
base * /home/kimisyo/anaconda3
deepchem /home/kimisyo/anaconda3/envs/deepchem
django /home/kimisyo/anaconda3/envs/django
作成した仮想環境を有効にします。
$ source activate deepchem
(deepchem) $
続いてDeepChemのサイトに載っているコマンドをコピペしてインストールを行います。
$conda install -c deepchem deepchem=2.1.0 python=3.6
Solving environment: failed
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:
- deepchem=2.1.0
- pdbfixer==1.4
- deepchem=2.1.0
- rdkit==2017.09.1
- deepchem=2.1.0
- xgboost==0.6a2
Current channels:
- https://conda.anaconda.org/deepchem/linux-64
- https://conda.anaconda.org/deepchem/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/free/linux-64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/linux-64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/noarch
To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to
https://anaconda.org
and use the search bar at the top of the page.
PackagesNotFoundErrorが発生し、インストールに失敗しました。DeepChemの公式サイト1を参考にしたのですが、RDkit、Xgboost等、依存するパッケージが見つからないようです。
そこでGitHubの方のサイト2の方に記載されている以下のコマンドを実行したところ、数十分かかりましたがうまくインストールできました。
$conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem=2.1.0
インストール後、ライブラリをimportできるか確認したところ、警告はでるもののインポートはできましたので、インストールは完了です。
$ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43)
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import deepchem
/home/kimisyo/anaconda3/envs/deepchem/lib/python3.6/site-packages/sklearn/ensemble/weight_boosting.py:29: DeprecationWarning: numpy.core.umath_tests is an internal NumPy module and should not be imported. It will be removed in a future NumPy release.
from numpy.core.umath_tests import inner1d
さぁ、バンバン化合物でDeepLearningやるぞ!