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DeepChemをAnacondaの仮想環境にインストールする

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化合物のDeepLearningライブラリであるDeepChemを真っさらなAnacondaの仮想環境にインスト―ルしたいと思います。

動作環境

  • CentOS7
  • Anaconda3
  • python3.6
  • deepchem2.1.0

インストール

まずはanacondaの仮想環境を作成します。

$ conda create -n deepchem python=3.6

仮想環境(deepchem)が作成されたことを確認します。

$conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/kimisyo/anaconda3
deepchem                 /home/kimisyo/anaconda3/envs/deepchem
django                   /home/kimisyo/anaconda3/envs/django

作成した仮想環境を有効にします。

$ source activate deepchem
(deepchem) $

続いてDeepChemのサイトに載っているコマンドをコピペしてインストールを行います。

$conda install -c deepchem deepchem=2.1.0 python=3.6
Solving environment: failed

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - deepchem=2.1.0
  - pdbfixer==1.4
  - deepchem=2.1.0
  - rdkit==2017.09.1
  - deepchem=2.1.0
  - xgboost==0.6a2

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/deepchem/linux-64
  - https://conda.anaconda.org/deepchem/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/free/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to

    https://anaconda.org

and use the search bar at the top of the page.

PackagesNotFoundErrorが発生し、インストールに失敗しました。DeepChemの公式サイト1を参考にしたのですが、RDkit、Xgboost等、依存するパッケージが見つからないようです。
そこでGitHubの方のサイト2の方に記載されている以下のコマンドを実行したところ、数十分かかりましたがうまくインストールできました。

$conda install -c deepchem -c rdkit -c conda-forge -c omnia deepchem=2.1.0

インストール後、ライブラリをimportできるか確認したところ、警告はでるもののインポートはできましたので、インストールは完了です。

$ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 14:08:43)
[GCC 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import deepchem
/home/kimisyo/anaconda3/envs/deepchem/lib/python3.6/site-packages/sklearn/ensemble/weight_boosting.py:29: DeprecationWarning: numpy.core.umath_tests is an internal NumPy module and should not be imported. It will be removed in a future NumPy release.
  from numpy.core.umath_tests import inner1d

さぁ、バンバン化合物でDeepLearningやるぞ!

参考文献

kimisyo
主にライフサイエンス分野向けサービス開発を行っています。これからはライフサイエンスの時代です。化学、AI(機械学習)を中心に、学んだこと、経験したことをシェアしていきます。
https://github.com/kimisyo
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