はじめに

前回のフラグメント除去に続き、今回も化合物の前処理の一つとして行われる電荷の中和をやってみようと思う。

環境

Python3.6
RDKit 2019.03.3.0

コード

コードは以下の通りである。事例も含め、参考文献からの流用である。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import MolStandardize

#-------------------------------------------------------
# 電荷の中和
#-------------------------------------------------------
smis = ("c1cccc[nH+]1",
        "C[N+](C)(C)C", "c1ccccc1[NH3+]",
        "CC(=O)[O-]", "c1ccccc1[O-]",
        "CCS",
        "C[N-]S(=O)(=O)C",
        "C[N-]C=C", "C[N-]N=C",
        "c1ccc[n-]1",
        "CC[N-]C(=O)CC")

uc = MolStandardize.charge.Uncharger()
for smi in smis:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
    mol = uc.uncharge(mol)
    uncharge_smi = Chem.MolToSmiles(mol)
    print("Before: " + smi + " -> After: " + uncharge_smi)

結果は以下のとおりである。

Before: c1cccc[nH+]1 -> After: c1ccncc1
Before: C[N+](C)(C)C -> After: C[N+](C)(C)C
Before: c1ccccc1[NH3+] -> After: Nc1ccccc1
Before: CC(=O)[O-] -> After: CC(=O)O
Before: c1ccccc1[O-] -> After: Oc1ccccc1
Before: CCS -> After: CCS
Before: C[N-]S(=O)(=O)C -> After: CNS(C)(=O)=O
Before: C[N-]C=C -> After: C=CNC
Before: C[N-]N=C -> After: C=NNC
Before: c1ccc[n-]1 -> After: c1cc[nH]c1
Before: CC[N-]C(=O)CC -> After: CCNC(=O)CC

2番目と5番目は変化がなく、それ以外は処理がされている。変化があるものとないものの違いがよくわからない。
smilesだとよくわからないので画像で見てみよう。