はじめに
そろそろChEMBLについて勉強しようと思う。手始めにChEMBL webresource clientというPythonのインターフェースを見つけたのでこれをインストールしてみた。
ChEMBL webresource clientとは
ChEMBLグループによって開発およびサポートされている唯一の公式Pythonクライアントライブラリ。PythonからChEMBLデータや化学情報学ツールにアクセスするのに役立つ。SQLやRESTを知らなくても使える。
インストール
python3.6のAnaconda仮想環境上で、以下の通りcondaでいけた。
conda install -c conda-forge chembl_webresource_client
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.7.12
latest version: 4.8.2
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /home/kimisyo/anaconda3/envs/chemlearn
added / updated specs:
- chembl_webresource_client
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
chembl_webresource_client-0.10.0| py36_1 89 KB conda-forge
easydict-1.9 | py_0 9 KB conda-forge
gevent-1.4.0 | py36h516909a_0 2.5 MB conda-forge
greenlet-0.4.15 | py36h516909a_0 22 KB conda-forge
grequests-0.4.0 | py_0 6 KB conda-forge
requests_cache-0.4.13 | py_0 16 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 2.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
chembl_webresourc~ conda-forge/linux-64::chembl_webresource_client-0.10.0-py36_1
easydict conda-forge/noarch::easydict-1.9-py_0
gevent conda-forge/linux-64::gevent-1.4.0-py36h516909a_0
greenlet conda-forge/linux-64::greenlet-0.4.15-py36h516909a_0
grequests conda-forge/noarch::grequests-0.4.0-py_0
requests_cache conda-forge/noarch::requests_cache-0.4.13-py_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
easydict-1.9 | 9 KB | ##################################################### | 100%
greenlet-0.4.15 | 22 KB | ##################################################### | 100%
gevent-1.4.0 | 2.5 MB | ##################################################### | 100%
chembl_webresource_c | 89 KB | ##################################################### | 100%
grequests-0.4.0 | 6 KB | ##################################################### | 100%
requests_cache-0.4.1 | 16 KB | ##################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
使ってみた感想はまた別途。