CDK(Chemical Development Toolkit)を使ってみる

はじめに

Javaから化合物をハンドリング可能なオープンソースであるCDK(ChemicalDevelopmentToolkit)の最新版を使ってみた。ここではソースを書いてビルド、実行するまでを記載する。

環境

• Java 11
• IntelliJ IDEA (Community版)
• CDK2.2

準備

CDKのサイトからたどれるGitHubよりcdk2.2のjarファイルをダウンロードし、プロジェクトのライブラリに追加しておく。

ソース

プロジェクトを作成後、以下のソース(CountHeavyAtoms.javaで作成)をビルドして実行すればOKだ。
CDK2.2になってかなりAPIも変わっているため、CDKのサイトのJavaDocを参考にしてほしい。

import java.io.*;
import org.openscience.cdk.io.iterator.IteratingSDFReader;
import org.openscience.cdk.interfaces.IAtomContainer;
import org.openscience.cdk.DefaultChemObjectBuilder;
import org.openscience.cdk.interfaces.IAtom;

public class CountHeavyAtoms {
    public static void main(String[] args) {
        FileReader sdfile = null;

        try {
            /* CDK does not automatically understand gzipped files */
            sdfile = new FileReader(new File("solubility.train.sdf"));
        } catch (FileNotFoundException e) {
            System.err.println("benzodiazepine.sdf not found");
            System.exit(1);
        }

        IteratingSDFReader mdliter = new IteratingSDFReader(sdfile,
                DefaultChemObjectBuilder.getInstance());

        while (mdliter.hasNext()) {
            IAtomContainer mol = (IAtomContainer) mdliter.next();
            int numHeavies = 0;
            for (IAtom atom : mol.atoms()) {
                if (atom.getAtomicNumber() > 1) {
                    numHeavies++;
                }
            }
            System.out.println(numHeavies);
        }
    }
}

今後は記述子計算なども試したい。