MySQLのスロークエリログで明らかに
long_query_timeで設定した時間よりも短い結果で返ってくるクエリが保存されていた
原因はlog_queries_not_using_indexesがONになっていた。
これがONになっているとインデックスを使っていないクエリが保存される
従って、下記設定でlog_queries_not_using_indexesをOFFにする。
mysql>set global log_queries_not_using_indexes=0;
これで、long_query_timeでスロークエリを制御できる