matplotlibの散布図をSVGで出力した場合、系列がPathCollection中で定義されていることがある。このとき、系列中のポイントをまとめたグループで<defs>と<use>が使われていることがある。defs要素で共通したポイントの形を（定数のように）定義し、use要素でそれをコピーしつつ表示座標だけ変えるという仕組みである。

問題は

系列のストローク色はdefs要素中で定義されていてる
defs要素をinkscapeから操作することができない

この2つが重なることで、ストローク色が変更不能になる。

手っ取り早い解決策としては、テキストエディタでSVGファイルを開き、defs要素を直接編集してストローク色の指定を取り除くとよい。