ブラウザの制約

現代のブラウザだとfile:プロトコルでリンクを貼っても、クリックしても開けません。
Firefoxだと、about:configで設定を変える必要があるようです。
Chromeだと、起動オプションを設定する必要があるようです。
Edgeは知りませんが、多分同様なんでしょう。

なるべくブラウザを問わない解決方法となると、独自プロトコルを使います。
クリックするとiTunesが開くitmss://music.apple.com/...とか、Githubでx-github-client://openRepo/https://github.com/...ってなっているやつですね。
(蛇足ですが、calculator:というリンクにすると、電卓が立ち上がります。)

今回やろうとしている事は、fileプロトコルをブラウザ自体で開くのではなく、エクスプローラーなり関連付けられているアプリケーションで開ければ良いので好都合です。

Firefoxの様にホワイトリストでリンク元を制限できればいいのですが、独自プロトコルはリンク元がイントラネットかどうか問いません。
悪用されかねないため、独自プロトコルの名前は外部に漏れないようにし、可能な限り推測できないもの(GUIDとか)を使用したほうが良いでしょう。
(面倒だと適当なプレフィックスにしちゃいます。)

プロトコルハンドラーを追加する。

独自プロトコルをアプリケーションで開くには、レジストリにプロトコルハンドラーを設定します。

プロトコルハンドラーの実装はvbscriptとかでもいいのですが、今回はc++で実装しました。

ネイティブアプリなのでwindows defenderなどのセキュリティーソフトからは警告が出まくります。
(オレオレ)コード証明書でサインする運用が良いでしょう。
登録と解除の機能も兼ね備えています。

コードはRegistering an Application to a URI Schemeあたりを参考にしました。

ShellExecuteExでファイルを開くので、ローカルファイルを実行できない様にPathIsNetworkPathでパスに制約を掛けてます。(気休めだけど。)

ビルド

ニッチなアプリケーションなので、バイナリでの配布はしていません。
CustomFileProtocolHandlerはVisual Studio 2017以降(Express)でビルドできます。
Windows SDK バージョンは環境に合わせて適宜変更してください。

Wikiのリンクを独自プロトコルに変換する

growiのmarkdownでは、file:プロトコルへはリンクが張れない様に制限がかかっています。
[doc.txt](file://Contoso/share/doc.txt)
と書くと、リンクにならずそのまま表示されます。

カスタムプロトコルハンドラーで開かれるように、
[doc.txt](A6C4D2B1-62BA-4C53-9018-B186E2E6A5EC://Contoso/share/doc.txt)
もしくは
[doc.txt](A6C4D2B1-62BA-4C53-9018-B186E2E6A5EC:\\\Contoso\share\doc.txt)
と書くようにします。

わざわざカスタムプロトコルを書くのが面倒な場合は、tampermonkeyやgreasemonkey等のuserscriptで、\\\Contoso\share\doc.txtを独自プロトコルを用いたリンクに置き換えます。
userscriptの代わりにGrowiのカスタムスクリプト機能でもできそうですが、管理者権限が無いため私は未確認です。