現場で遭遇したトラブルに対してATENのサポートに問い合わせして教えてもらった事をまとめます。
製品によって挙動が大きく異るため、機種に拠らない対策をまとめます。

だいたいダメなキーボードやマウスメーカー

サンワやエレコム、バッファローとは大抵相性問題があるので、使わないのが本当の正解。

これらのメーカーで同じ型番でも、内部のICなどが変更してもこれらのメーカーは何も対策や告知をしていないのでトラブルの原因になることが多いです。どこのKVMメーカーも似たような感じですが。

で、ATENに相性問題について問い合わせた所、そもそも特定のキーボードやマウスについては動作保証はしておらず、購入前に評価機貸出サービスがあるのでそれを活用して下さいとのこと。これはPC業界あるある的な話で、確実に何の問題もなく使いたい、動作保証を求めるならHPならiLOや富士通なら自社のKVMを使えという感じでよくある系統のお話です。それらのベンダーは確実に使えるけど不便だったりします(使いたいのに限って対応していないのが多く、何で売ってるのか分からないものが多数・・・)
結果としてこういうのを使うほうがリスクは取るけど安く出来て、トータルではOKというところです。

基本的な解決方法

DELL、HPのサーバーやデスクトップが納入された時に付属でついてくる有線のキーボードマウスを使う。
出来る限り特殊なキーがないプレーンなものでテンキー付きもの。
HPのキーボードだったら、PS/2ではKB-0316、USBではKU-0316、
マウスはMOFXU辺りが安全です。
DELLのキーボードならSK-8115(ロジクールのOEM?)もかなり鉄板です。
この辺りはちょっと古いシステムで運営しているユーザーさんのサーバールームとかならよく転がっている奴なので備品として隠しておくのがおすすめです。勝手に誰かに持っていかれないようにするまでが対策です。

また、余談ですが104USキーボードだとトラブルの回避が更にし易い。
緊急時の保険として無ければとにかく探せ、というぐらい鉄板のデバイスです。

元々ATENがコンピューターのシェアなどから世界的に使われてるものでテストするため、そういう標準キーボードとして売られているものを使うことを勧められました。

無線キーボードやマウスを使う場合の流れ

ロジクールやマイクロソフトの特殊なキーの付いていないものを使う。
USB発信機は別々に接続する
ホットキーでマウスエミュレーションをOFFにする
ホットキーでターゲットのOSをSPCモードにする

1については、ハードウェア的な問題の解決です。ベンダー標準品のものでも相性問題は出る時は出ます。むしろ高機能系のキーボードとかだとHPやDELLのほうが酷いです。

2は、Amazonなどのレビューでありますがunifying系のデバイスを使う時のコツで、別々にすると使えることが多いです。よくセットで1つの発信機しか付いていないモデルが販売されていますが、あの系統はほぼ無理です。サポートの問い合わせをしたところ、そもそもKVM本体のキーボードの専用ポートにUSBではなく、キーボードやマウスのアイコンを描かれているのは、USB準拠ではなく、キーボードやマウスの信号のみをやりとりするために、準拠から外れてしまうことから起因するとのこと。なので、大人しくバラバラで買うほうが良いでしょう。

3については、マウスが縦方向や横方向にしか動かない場合の対策です。この方法を使うとマウスの切り替え機能は使えなくなることと、切替時に若干認識に時間が掛かるという問題がありますが、PCから直接デバイスを認識できるため、setpointなどが使えます。

4はキーボード側の問題で、反応しない場合などの対策です。通常、macモードやsunなどと繋げる、ということで紹介されていますが、F1キーを押すことでこのモードに入れるモデルがあります。(戻す時はF2かF10でPCまたはwinに戻る)仕組み的にはどんなキーボードでも104キーボードに変換するという挙動をしているようですが、詳細は不明です。

それでもだめな場合

USBポート付きのKVMに交換し、キーボードでの切り替えは諦めてボタンで切り替えをする
ユーザー経由で開発依頼をする

基本、普通の現場だと切り替えが無理でも本体のボタンが押せるような状況なら1で大体解決します。
むしろ、個人的なシステム提案をする時はUSBポート付きのKVMPと呼ばれているものを使えばある程度のトラブルでも落とし所が用意できるので、これを出来る限り使うようにしています。
2については、システム他キーボードやその他ハードウェアまで要件に組み込まれていたユーザーさんが特殊キーボードを使わざるを得ないということで、専用のファームウェア開発をATENに依頼したケースもありました。