Settings - User に次の設定を追加します。
"file_exclude_patterns": ["*.pyc", "*.pyo", "*.exe", "*.dll", "*.obj","*.o", "*.a", "*.lib", "*.so", "*.dylib", "*.ncb", "*.sdf", "*.suo", "*.pdb", "*.idb", ".DS_Store", "*.class", "*.psd", "*.db", ".tags", ".tags_sorted_by_file"],
デフォルトとの違いは ".tags", ".tags_sorted_by_file"
を追加したこと。
これにより .tags と .tags_sorted_by_file が SublimeText から見えなくなり、検索結果にでてこなくなります。
もちろん CTags の機能自体は使えます。