前提

Androidプログラミングの知識はないため、間違っている可能性があります。ご指摘をお願いいたします。

参考にしたサイト

https://qiita.com/neonankiti/items/e387a81a64d934ba8d9f
https://www.samieltamawy.com/how-to-fix-the-camera-intent-rotated-image-in-android/

build.gradleに、依存関係を追記します。

dependencies {
    implementation 'com.android.support:exifinterface:27.1.1'
}

Exifを見て、画像を回転させるメソッドを作ります。

ここでは、bitmapを引数で受けていますが、次のように、fileDescriptorから取り出すこともできます。
Bitmap bitmap = BitmapFactory.decodeFileDescriptor(fileDescriptor);

@neonankiti様より、コメントを頂戴しました。ありがとうございます。

念のために書かせていただきますと、FileDescriptor自体はKitkat(OSバージョン4.4以上)からの導入ですので、それ未満のサポートを考えた場合には、私の記事にも書いておりますが、画像データはUriからストリームとして扱ってあげると良いかと思います。
https://qiita.com/neonankiti/items/e387a81a64d934ba8d9f

    /**
     * Rotate an image if required.
     * https://www.samieltamawy.com/how-to-fix-the-camera-intent-rotated-image-in-android/
     *
     * @param bitmap The image bitmap
     * @param context
     * @param uri    Image URI
     * @return The resulted Bitmap after manipulation
     */
    public static Bitmap rotateImageIfRequired(Bitmap bitmap, Context context, Uri uri) throws IOException {
        ParcelFileDescriptor parcelFileDescriptor =
                context.getContentResolver().openFileDescriptor(uri, "r");
        FileDescriptor fileDescriptor = parcelFileDescriptor.getFileDescriptor();

        ExifInterface ei = new ExifInterface(fileDescriptor);
        int orientation = ei.getAttributeInt(ExifInterface.TAG_ORIENTATION, ExifInterface.ORIENTATION_NORMAL);

        parcelFileDescriptor.close();

        switch (orientation) {
            case ExifInterface.ORIENTATION_ROTATE_90:
                return rotateImage(bitmap, 90);
            case ExifInterface.ORIENTATION_ROTATE_180:
                return rotateImage(bitmap, 180);
            case ExifInterface.ORIENTATION_ROTATE_270:
                return rotateImage(bitmap, 270);
            default:
                return bitmap;
        }
    }

    /**
     * rotate image
     *
     * @param bitmap
     * @param degree
     * @return
     */
    private static Bitmap rotateImage(Bitmap bitmap, int degree) {
        Matrix matrix = new Matrix();
        matrix.postRotate(degree);
        Bitmap rotatedImg = Bitmap.createBitmap(bitmap, 0, 0, bitmap.getWidth(), bitmap.getHeight(), matrix, true);
        bitmap.recycle();
        return rotatedImg;
    }