この記事はなに？
PyMOLをソースコードからインストールしましたので，手間のかかったトラブルとその解決策を記載します．インストールの流れは公式のGitHubのページのInstallationに記載があるのでここでは記載しません．ここで扱うトラブルは，インストール時にfreetypeをうまく読み込めないことです．この記事は，PyMOLインストール時に発生した以下のエラーを解決した際の作業ログです．
$ python3 setup.py install --prefix=~
(略)
layer1/TypeFace.cpp:25:10: fatal error: 'ft2build.h' file not found
#include <ft2build.h>
^~~~~~~~~~~~
1 error generated.
私がPyMOLをインストールした環境は以下の通りです．
端末: MacBook Air (M1, 2020)
OS: macOS Big Sur Version 11.5
Bash: GNU bash, version 3.2.57(1)-release (arm64-apple-darwin20)
python3: Python 3.9.6
解決策
まず，freetypeがインストールされていることを確認します．
$ brew list|grep freetype
freetype
過去の私はfreetypeを既にインストールしたようです．入っていなければbrew install freetypeでインストールする予定でした．
つぎに，freetypeに関連するディレクトリからft2build.hを見つけます．私の環境では以下の場所に見つけました．
$ ls /opt/homebrew/Cellar/freetype/2.11.0/include/freetype2/
freetype ft2build.h
この場所にあるft2build.hを読み込んでもらうために，PREFIX_PATHを設定します．この設定をするのは，PyMOL wikiに以下の説明があるためです．
Libraries in non-standard places
Optional: You may use the colon-delimited $PREFIX_PATH variable to point setup.py to non-standard locations of libraries and headers (those locations should have include and lib directories).
つまり，今回のようにヘッダーファイルを読み込ませたいときは，PREFIX_PATHにコロン区切りで設定したら良いということです．この説明に従って，次のように変数PREFIX_PATHを設定しました．
$ export PREFIX_PATH=/opt/homebrew/Cellar/freetype/2.11.0/
ここで注意すべきことがあります．ft2build.hへのパスを指定するのではなく，必ずincludeの親ディレクトリまでを指定します．(私はこのことに気づくまで多くの試行錯誤と時間を要しました．)この後再度以下のコマンドを実行することで，インストールすることができました．
$ python3 setup.py install --prefix=~