概要
Prefab Variantを作成する時、作り方によって少し挙動が変わるところがあります。
Unityを使い慣れている人にとっては当たり前の事ですが、初心者の方にとっては混乱の原因になるポイントだと思います（自分含む）
本文
このbox prefabのPrefab Variantを作りたい時
Hierarchy上のbox(box prefab)をProjectビューへドラッグ&ドロップして、ポップアップメニューから"Prefab Variant"を選択するとHierarchy上のbox(box prefab)はbox(Prefab Variant)に切り替わります。
Hierarchy上のboxをbox prefabのままにしておきたい時は
Projectビュー上にあるbox prefabの右クリックメニューからPrefab Variantで作ります。
Original Prefabの場合
先程の例の中でHierarchy上のbox(box prefab)をProjectビューへドラッグ&ドロップする時に表示されるポップアップ
選択肢の"Original Prefab"も同様です。
Hierarchy上のbox(box prefab)をProjectビューへドラッグ&ドロップして"Original Prefab"を選択すると、Hierarchy上のbox(box prefab)はbox(Original Prefab)に切り替わります。
Hierarchy上のboxをbox prefabのままにしておきたい時は、改めてbox prefabで置き換える等の操作が必要になります。
補足
Projectビュー上のPrefabを選択した状態でctrl+D(macならCommand+D)で複製することもできます。