mvnコマンドを使用してSonarQubeにメトリクス情報を送信する場合は、mvnコマンドのゴールに「sonar:sonar」を指定します。その際に、SCM連携のプロバイダを変更（指定）したり、SCM連携自体を無効化するができます。

動作検証バージョン

SonarQube 6.4

SCMプロバイダの変更(指定)

$ mvn sonar:sonar -Dsonar.scm.provider=tfvc

上記は、SCMとしてTeam Foundation Version Control(TFVC)を使用する場合の設定例です。
ちなみに・・・SonarQubeにTFVC用のプラグインをインストールしておかないと以下のようなエラーになります。（デフォルトだと、GitとSVNがサポートされているみたいです）

...
[ERROR] Failed to execute goal org.sonarsource.scanner.maven:sonar-maven-plugin:3.0.2:sonar (default-cli) on project todo: SCM provider was set to "tfvc" but no SCM provider found for this key. Supported SCM providers are git,svn -> [Help 1]
[ERROR] 
[ERROR] To see the full stack trace of the errors, re-run Maven with the -e switch.
...

SCM連携の無効化

$ mvn sonar:sonar -Dsonar.scm.disabled=true

上記はMavneコマンド側で無効化していますが、「Administrationメニュー > Configuration > General Settings > SCM」の「Disable the SCM Sensor」をONにすることで無効化することもできます。

まとめ

なんでこんなこと調べたかというと・・・なんらかの理由でSCM連携のプロバイダがGitになっており、Team Foundation Version Control(TFVC)」を使用しているプロジェクトに対して「mvn sonar:sonar」を行ったところ以下のようなエラーが発生したためです。

...
[ERROR] Failed to execute goal org.sonarsource.scanner.maven:sonar-maven-plugin:3.0.2:sonar (default-cli) on project todo: /Users/xxx/tfvc/MyFirstProject/todo doesn't seem to be contained in a Git repository -> [Help 1]
[ERROR] 
[ERROR] To see the full stack trace of the errors, re-run Maven with the -e switch.
[ERROR] Re-run Maven using the -X switch to enable full debug logging.
...

なんでSCM連携のプロバイダがGitになっていたかは不明ですが・・・ビルドにJenkinsを使っていたので、Jenkins側で何か指定しちゃっているのかもしれません。