array_mergeを使う方法
$a = array(0=>'aaa',5=>'bbb',9=>'ccc');
$a = array_merge($a);
//=>array(0=>'aaa',1=>'bbb',2=>'ccc');
参考:PHPで歯抜け、バラバラになった配列のキーを連番にする方法
array_valuesを使う方法
$a = array(0=>'aaa',5=>'bbb',9=>'ccc');
$a = array_values($a);
//=>array(0=>'aaa',1=>'bbb',2=>'ccc');
コメントにあった通りarray_valuesの方が意図がわかりやすいかもしれない。