考えれば当たり前の話なんですが、ヘルパーでclone した際、ラジオボタンの選択状態が奪われます。
ドラッグ中はヘルパーが表示されているので問題無いように見えるんですが、並び替えが完了するとヘルパーが消えて元の行が表示されるので、ラジオボタンの選択状態がリセットされたように見える、と。
beforeStop メソッドで、選択状態のラジオボタンと同名のラジオボタンに checked を設定すれば解決します。
javascript
beforeStop: function (event, ui) {
$.each($(ui.helper).find(":input:radio:checked"), function () {
var name = $(this).prop('name');
$(ui.item).find(":input:radio[name='" + name + "']").prop("checked", true);
});
}
http://jsfiddle.net/7mwx5c5y/1/
2014/11/18 ソースが一部おかしかったので修正しました。