サーバーに OpenSSL プログラムが大抵入っているので、コマンドで ID&パスワードを追加できます。
sudo sh -c "echo -n 'ユーザー名:$(openssl passwd -apr1 パスワード)' >> [パス]/.htpasswd"
or sudo 無しなら
echo -n 'ユーザー名:$(openssl passwd -apr1 パスワード)' >> [パス]/.htpasswd
sudo
: 必要に応じて、sudo 無し、sudo -u ユーザー指定で実行する
-apr1
: パスワード形式。もっと強固なもに
>>
: 既存のテキストファイルに、追記する