事前準備

SublimeText3をインストール
SublimeREPLをインストール
Pyenv経由でpythonをインストール

手順

Userディレクトリを作成

cd ~/Library/Application Support/Sublime Text 3/Packages
mkdir -p User/SublimeREPL/config/Python

設定ファイルをコピー

cp -p SublimeREPL/config/Python/Main.sublime-menu User/SublimeREPL/config/Python/

コピーしたMain.sublime-menuを編集して実行するpythonを変更

cmdで実行されるpythonをpyenv経由に変更する

"cmd": ["~/.pyenv/shims/python", "-i", "-u"],

REPLを起動

Python 3.5.1 |Anaconda 2.5.0 (x86_64)| (default, Dec  7 2015, 11:24:55) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

みたいに使用されるpythonが切り替わっていれば成功