Mac OSXでは，PDFから濁音付きの日本語をコピーしてどこかに貼り付けようとすると，変な感じになります。
これは，OSXでは平仮名の濁音を「◯＋゛」の「２字」（結合文字列）で表現しようとする傾向があるため，なんじゃないかと思っています。
参考文献→文字コード地獄秘話 第2話：聖母マリアよ、二人を何故別々に？ - ALBERT Engineer Blog
もっとも，JavaScriptではこうした結合文字列を等価性に基づく合成済み文字（例：て＋゛→で）に正規化するString.normalize(form)が実装されています。
"て゛".normalize("NFC") という感じにすれば「で」になります。（「という感じ」というのは，この例は結合文字列ではなく単なる２文字なので，コピペしても動かない故。）
参考文献→String.prototype.normalize() - MDN web docs
そんでもって，Macでクリップボードやシステムサービス的なものを操作しようと思ったら，古くからAppleScriptが使われていたのですが，最近はJavaScriptを使うこともできます。
つまり，JavaScriptの標準機能を使って，OSから容易に呼び出せる，結合文字列をどうにかするサービスを作ることができます。たとえばAutomator+JavaScriptで「クイックアクション」の「サービス」にしてシステム環境設定でキーボードショートカットを割り当てるとこんな感じに。
たとえばこんなコード
Automatorで【新規作成→クイックアクション】。
JavaScriptを実行→クリップボードにコピー。
JavaScriptの内容はこんな感じ。
function run(input, parameters) {
// Your script goes here
return input.toString().normalize("NFC");
}
おまけ：クリップボード内を操作する。
上記はAutomatorのワークフローとして作りましたが，たとえばクリップボード内に置いたまま操作することも考えられます。
私の場合，他にも，半角を全角にしたりとか（裁判所への提出文書は全角にする慣行なので…）その他諸々の処理を加えたいので，こんな感じのスクリプトを作っています。
var app = Application.currentApplication();
app.includeStandardAdditions = true;
var cb = app.theClipboard();
cb = cb.split("\r").join("\n"); // \rを普通の改行に
cb = cb.normalize("NFC"); //合成文字を単文字化
cb = cb.replace(/[^\x01-\x7E] [^\x01-\x7E]/g, function(s) { //全角文字間の半角スペース削除
return s.split(" ").join("");
});
cb = cb.replace(" "," "); //残った半角スペースを全角化
cb = cb.replace(/[A-Za-z0-9\(\)]/g, function(s) { //半角文字を全角化
return String.fromCharCode(s.charCodeAt(0) + 0xFEE0);
});
app.setTheClipboardTo(cb);
使い方：PDF等から任意の文字列をコピーし，上記スクリプトを実行してから貼り付ける。
AppleScript的な感じでJavaScriptでクリップボードを扱う場合，まずStandardAdditionsを呼び出せるようにする必要がある点に注意。
参考文献→JavaScriptによるMacの自動操作入門の情報まとめ - 大石製作ブログ
スクリプトエディタ.appで上記スクリプトを作って，スクリプトメニューから使用。
→インストール方法委細 AppleScript ことはじめ - Script Factory
これでてきとーな判決文からコピペして裁判所提出文書作成が容易に！