bashとzshで設定の仕方が若干異なったので整理しました。詳細は下記の元記事を参照してください。

bash/zsh共通

切り替えたいディレクトリで、当該環境をactivateし、その環境名を.environment.yamlに書き出す。

conda config --set auto_activate_base false
conda activate hogehoge
conda env export > .environment.yaml

zshの場合

~/.zshrcに下記を書き込む。

# Auto activate conda environments
function conda_auto_env() {
  if [ -e ".environment.yaml" ]; then
    ENV_NAME=`head -n 1 .environment.yaml | cut -f2 -d ' '`
    # Check if you are already in the environment
    if [[ $CONDA_PREFIX != *$ENV_NAME* ]]; then
      # Try to activate environment
      conda activate $ENV_NAME &>/dev/null
    fi
  fi
}
precmd() {
   conda_auto_env
}

bashの場合

~/.bashrcに下記を書き込む。

# Auto activate conda environments
function conda_auto_env() {
  if [ -e ".environment.yaml" ]; then
    ENV_NAME=$(head -n 1 .environment.yaml | cut -f2 -d ' ')
    # Check if you are already in the environment
    if [[ $CONDA_PREFIX != *$ENV_NAME* ]]; then
      # Try to activate environment
      source activate $ENV_NAME &>/dev/null
    fi
  fi
}

export PROMPT_COMMAND="conda_auto_env;$PROMPT_COMMAND"