TL;DR

Unityのバージョンは 2018.3.6f1 です。
普通の AssetDatabase.ImportPackage だと処理完了前にprocess が終わってしまって取り込めない
internal Method だけど AssetDatabase.ImportPackageImmediately というのがあるのでそれをReflectionで使いましょう

importpackage.cs

public static void ImportPackage()
{
    var packageName = "Sample.unitypackage";
    var type = typeof(AssetDatabase);
    var binding = BindingFlags.NonPublic | BindingFlags.Static;
    var assetDatabaseMethodInfo = type.GetMethod("ImportPackageImmediately", binding);
    assetDatabaseMethodInfo.Invoke(type, new object[] {packageName});
}

batch mode で ImportPackage がうまくいない

スクリプトリファレンスに記載されているAPIは AssetDatabase.ImportPackage
普通にこれで試す

importpackage.cs

public static void ImportPackage()
{
    //batch mode なので第2引数の interactive は false
    AssetDatabase.ImportPackage("Sample.unitypackage", false);
}

結果、うまくインポートできてない
Logを見ても実行自体には成功している

MenuItem にしてGUI上で試す

importpackage.cs

[MenuItem("ImportPackage")]
public static void ImportPackage()
{
    //batch mode なので第2引数の interactive は false
    AssetDatabase.ImportPackage("Sample.unitypackage", false);
}

普通にAsset/ImportAsset/CutstomPackage の流れでImportしたときと同じように取り込まれる
ちゃんと取り込まれてるのはGit差分でわかる。

？？？？？？？？

callback を定義してどこまで行ってるか見る

AssetDatabase-ImportPackageCallback でそれぞれのタイミングでLogを吐き出させる

importpackage.cs

public static void ImportPackage()
{
    AssetDatabase.importPackageCompleted += ImportCompleted;
    AssetDatabase.importPackageCancelled += ImportCancelled;
    AssetDatabase.importPackageFailed += ImportCallBackFailed;
    AssetDatabase.importPackageStarted += ImportStarted;
    AssetDatabase.ImportPackage("Sample.unitypackage", false);
}

static void ImportCompleted(string packageName)
{
    Debug.Log ("Completed " + packageName);
    AssetDatabase.importPackageCompleted -= ImportCompleted;
}

static void ImportCancelled(string packageName)
{
    Debug.Log ("Cancelled " + packageName);
    AssetDatabase.importPackageCancelled -= ImportCancelled;
}

static void ImportCallBackFailed(string packageName, string _error)
{
    Debug.Log ("Failed " + packageName);
    AssetDatabase.importPackageFailed -= ImportCallBackFailed;
}

static void ImportStarted(string packageName)
{
    Debug.Log ("Started " + packageName);
    AssetDatabase.importPackageStarted -= ImportStarted;
}

実行したLogを見ると Started Sample.unitypackage しか出てない
おかしいぞ？

AssetDatabaseの実装を見に行く

ImportPackageImmediately というのが ImportPackageとは別にあるのを見つける
絶対これやんけ！！！
ただし、internal method なので普通には使えない
Reflectionで解決しよ。。。

importpackage.cs

public static void ImportPackage()
{
    var packageName = "Sample.unitypackage";
    var type = typeof(AssetDatabase);
    var binding = BindingFlags.NonPublic | BindingFlags.Static;
    var assetDatabaseMethodInfo = type.GetMethod("ImportPackageImmediately", binding);
    assetDatabaseMethodInfo.Invoke(type, new object[] {packageName});
}

結果、無事 batchModeでImportPackageできました。