　Excelで、表に１行おきに色を付けて行を横にたどりやすくしたいときに、「テーブルとして書式設定」でそういう色使いの書式を選択すると、例えばこんな風に色が付きます。

　フィルタで表示項目を減らしても、ちゃんと１行おきに色が付きます。

　でも、「テーブルとして書式設定」をするには、必ず見出しの行が必要だったり、見出しの項目名に同じ名前が使えなかったりと、「テーブル」としての制約がつくので、単純に条件付き書式だけで実現する方法を考えてみました。
　こんな感じの表があったら、

B2:E7 を選択して[ホーム] > [条件付き書式] > [新しいルール]を開く。規則の種類を「数式」にして、数式を =ISODD(SUBTOTAL(103, \$B\$2:\$B2)) に設定し、書式をカスタム書式で好きな色を塗りつぶしの色で設定すると

こんな感じで交互に色が付きます。

行をいくつか非表示にしてもこの通り。

この設定がうまくいくには前提条件があって、SUBTOTALに設定する列(今回の例ではB列)には空白セルがないことが条件です。
SUBTOTAL関数で、各セルが非表示を除いて表の何行目にあるかを算出し、ISODD関数で奇数行のときだけ条件成立する(Trueになる)、という仕組みです。

(参考)SUBTOTAL関数の説明
https://support.microsoft.com/ja-jp/office/subtotal-%E9%96%A2%E6%95%B0-7b027003-f060-4ade-9040-e478765b9939