Moodleで自分のCSSを追加する方法を明記します。

MoodleのCSS

moodleはCSSをSCSSで書く必要がある。

保存場所

scssの保存場所は以下（ファイル名は任意でOK）

theme/テーマ名/scss/main.scss

config.phpを書き換える

ただアップすれば反映してくれるわけじゃない。
config.phpを書き換えてあげる必要がある。

theme/テーマ名/config.php

config.php

//テーマがbootsの場合、以下をコメントアウト
//$THEME->scss = function($theme) {
//  return theme_boost_get_main_scss_content($theme);
//};*

//以下を追加（main.scssの場合　拡張子は書かない）
$THEME->scss = 'main';

参考