Mac OSX (Yosemite) 上でE-Cell4のPython拡張をビルドする

以下の情報は時代遅れです。最新の情報はこちらを参照してください。

1. brewをインストールする.

   ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
   brew update
   

2. gitをインストールしてecell4のソースをダウンロードする. 必要であればssh-keygen -t rsa -C hogeなどとしてsshキーを作成し, githubのアカウントに登録しておく. git clone https://github.com/ecell/ecell4.gitとしても良い.

   brew install git
   git clone [e-mail]:ecell/ecell4.git
   cd ecell4
   

3. ビルドに必要なライブラリをインストールする.

   brew install gsl
   brew install cmake
   brew install boost
   brew tap homebrew/science
   brew install hdf5
   curl -O https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
   sudo python get-pip.py 
   sudo pip install "ipython[notebook]"
   sudo pip install cython
   

4. インストールしたライブラリのパスを通しておく.

   export CPLUS_INCLUDE_PATH=/usr/local/Cellar/boost/1.58.0/include:/usr/local/Cellar/gsl/1.16/include:/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.14/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
   export LIBRARY_PATH=/usr/local/Cellar/boost/1.58.0/lib:/usr/local/Cellar/gsl/1.16/lib:/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.14/lib:$LIBRARY_PATH
   export DYLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/Cellar/boost/1.58.0/lib:/usr/local/Cellar/gsl/1.16/lib:/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.14/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH
   # export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/Cellar/boost/1.58.0/lib:/usr/local/Cellar/gsl/1.16/lib:/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.14/lib:$LD_LIBRARY_PATH
   

5. 最後に,

   ./install.sh py2
   

   ちなみに通常makeするところで下記のようにするとegfrdのテーブルだけ生成できると思われる.

   make BesselTables