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MachineLearning
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dockerで機械学習(74) with R (4)「Introduction to Machine Learning with R」By Scott Burger

1.すぐに利用したい方へ(as soon as)

「Introduction to Machine Learning with R」By Scott Burger

https://www.oreilly.co.jp/books/9784873118574/

docker

dockerを導入し、Windows, Macではdockerを起動しておいてください。
Windowsでは、BiosでIntel Virtualizationをenableにしないとdockerが起動しない場合があります。
また、セキュリティの警告などが出ることがあります。

docker pull and run

$ docker pull kaizenjapan/r-scott

$ docker run -it kaizenjapan/r-scott /bin/bash

以下のshell sessionでは
(base) root@473fc1bb505d:/#は入力促進記号(comman prompt)です。実際には数字の部分が違うかもしれません。この行の#の右側を入力してください。
それ以外の行は出力です。出力にエラー、違いがあれば、コメント欄などでご連絡くださると幸いです。
それぞれの章のフォルダに移動します。

dockerの中と、dockerを起動したOSのシェルとが表示が似ている場合には、どちらで捜査しているか間違えることがあります。dockerの入力促進記号(comman prompt)に気をつけてください。

ファイル共有または複写

dockerとdockerを起動したOSでは、ファイル共有をするか、ファイル複写するかして、生成したファイルをブラウザ等表示させてください。参考文献欄にやり方のURLを記載しています。

複写の場合は、dockerを起動したOS側コマンドを実行しました。お使いのdockerの番号で置き換えてください。複写したファイルをブラウザで表示し内容確認しました。

docker hubへの登録

$ docker ps

$ docker commit       kaizenjapan/r-scott

$ docker push kaizenjapan/r-scott

2. dockerを自力で構築する方へ

ここから下は、上記のpullしていただいたdockerをどういう方針で、どういう手順で作ったかを記録します。
上記のdockerを利用する上での参考資料です。本の続きを実行する上では必要ありません。
自力でdocker/anacondaを構築する場合の手順になります。
dockerfileを作る方法ではありません。ごめんなさい。

docker

ubuntu, debianなどのLinuxを、linux, windows, mac osから共通に利用できる仕組み。
利用するOSの設定を変更せずに利用できるのがよい。
同じ仕様で、大量の人が利用することができる。
ソフトウェアの開発元が公式に対応しているものと、利用者が便利に仕立てたものの両方が利用可能である。今回は、公式に配布しているものを、自分で仕立てて、他の人にも利用できるようにする。

docker pull

docker公式配布の利用は、URLからpullすることで実現する。

apt-get

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get update

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y procps

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y vim

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y apt-utils

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y r-base

(base) root@473fc1bb505d:/# apt-get install -y r-cran-hmisc

wget



#参考文献(reference)

R ScriptやR Markdownからinstall.packages()を呼び出す場合はレポジトリを指定しないとエラーになる
https://qiita.com/maech/items/03b9566fb0fe940e1736

Rでtrying to use CRAN without setting a mirrorと言われたら
https://qiita.com/manabuishiirb/items/88fb9d5207e6802da4b7

#文書履歴(document history)
ver. 0.10 初稿 20181014
ver. 0.11 番号変更、参考文献追記 20181029